公司章程中存在的三个漏洞是:1. 创始人未保留控制权;2. 创始人未保留对董事的多数提名权;3. 公司没有设立读完计划。为了做好防微杜渐,应优化和调整公司章程,确保创始人拥有控制权和提名董事的权限,并设立读完计划以防止股东被稀释。